贺飞--中国科学院遗传与发育生物学研究所

姓　　名：	贺飞
职　　称：	研究员
电话/传真：	010-6480-6301
电子邮件：	fhe@genetics.ac.cn
研究方向：	小麦抗病育种的基因组学基础

简历介绍：

贺飞，博士，研究员，博士生导师

2002-2006年，西南大学，农学与生命科学学院，理学学士；

2006-2011年，中国农业大学，生物学院，理学博士（导师：张子丁）；

2011-2012年，Memorial Sloan Kettering Cancer Center，发育生物学系（Zhirong Bao），博士后；

2012-2016年，Brookhaven National Lab, 生物系（Sergei Maslov），博士后；

2016-2021年，Kansas State University, 植物保护系（Eduard Akhunov），博士后；

2021年7月起，中国科学院遗传与发育生物学研究所，研究员

研究领域：

尽管在小麦抗病育种领域已经有大量的抗病基因被挖掘和利用，但大部分抗病基因随着使用范围的扩大会逐步丧失抗性。病原菌编码的无毒基因在选择压力下会变异，导致抗病基因失效。也有可能在病原菌群体中原本就存在低频率的毒性菌株，在抗病基因的选择下频率增加，最终导致抗病基因失效。这个植物和病原菌的军备竞赛过程被称为boom-and-bust。本课题组以小麦真菌病害为对象，解析小麦与病原菌之间的协同进化规律。我们综合利用基因组学、生物信息学、分子生物学等手段，研究小麦与真菌病害之间相互作用的遗传机制。同时，我们开展基因组辅助的种质资源创制，以基因组学挖掘结果为依据，设计杂交组配策略，与育种家合作培育持久抗病、产量稳定的新品种。

课题组成员：罗巧玲（助理研究员），谢菁忠（助理研究员），王利敏（工程师）

研究生：尹谋、张志蒙、王豪杰、李轩照、张婧、赵彩虹、陈昭庚、侯玥瑄、王一波、王世捷

客座学生：罗梦真、宋浩源、张绍辉

科研助理：肖蓓、张秀霞

近期招聘信息：

本课题组目前招收博士后（以下任一方向：分子生物学、作物生长模型、生物信息学与基因组学）。欢迎对组学数据挖掘、小麦功能基因组学感兴趣的有志青年申请（fhe@genetics.ac.cn）。

代表论著：

1. Xie et al. A biGWAS strategy reveals the genetic architecture of the interaction between wheat and Blumeria graminis f. sp. tritici. bioRxiv 2025. doi: https://doi.org/10.1101/2025.04.09.647224

2. Yin et al. Reshaping epistatic network modules enhances wheat yield potential. bioRxiv 2025. doi: https://doi.org/10.1101/2025.04.01.646715

3. Zhang et al. Population-scale gene expression analysis reveals the contribution of expression diversity to the modern wheat improvement. bioRxiv 2025. doi: https://doi.org/10.1101/2025.02.18.638840

4. Wang et al. Two divergent haploid nuclei shaped the landscape of population diversity in wheat stripe rust. bioRxiv 2024. doi: https://doi.org/10.1101/2024.12.10.627719

5. Luo Q, Zheng Q*, …, He F, Zheng L. The location and genome origin of alien chromatin in wheat founder parent Xiaoyan 6. Theoretical and Applied Genetics 2025

6. Ma S, Liu J, …, He F*, Ling HQ*. A comprehensive map of DNA-segment copy number variation in 491 genomes of common wheat uncovers genes associated with multiple agronomic traits. Plant Communications 2024

7. Liu J, Ma S, …, He F*, Zhao S*, Ling HQ*. Whole-genome sequencing of diverse wheat accessions uncovers genetic changes during modern breeding in China and the United States. Plant Cell 2023

8. Wang D, …, He F*, Liu X*, Xiao J*. Boosting wheat functional genomics via an indexed EMS mutant library of KN9204. Plant Communications 2023

9. He F^#, Wang W^#,…, Akhunov E. Genomic variants affecting homoeologous gene expression dosage contribute to agronomic trait variation in allopolyploid wheat. Nature Communications 2022, 13, 826

10. Jordan K^#, He F^#, Fernandez M, Akhunova A, Akhunov E. Differential chromatin accessibility landscape reveals the structural and functional features of the allopolyploid wheat chromosomes. Genome Biology 2020, 21:176

11. Xiao L, Zhao Z, He F*, Du Z*. Multivariable regulation of gene expression plasticity in metazoans. Open Biology 2019, 9(12):190150.

12. He F, Pasam R, Shi F, …, Hayden M, Akhunov E. Exome sequencing highlights the role of wild relative introgression in shaping the adaptive landscape of the wheat genome. Nature Genetics 2019, 51, 896–904

13. Qi H, Jiang Z, Zhang K, Yang S, He F*, Zhang Z*. PlaD: A Transcriptomics Database for Plant Defense Responses to Pathogens, Providing New Insights into Plant Immune System. Genomics, Proteomics Bioinformatics 2018, 16(4):283-293

14. Arkin AP, et al. KBase: The United States Department of Energy Systems Biology Knowledgebase. Nature Biotechnology 2018, 36:566–569.

15. He F, Yoo S, Wang D, Kumari S, Gerstein M, Ware D, Maslov S. Large-scale atlas of microarray data reveals the distinct expression landscape of different tissues in Arabidopsis. Plant Journal 2016, 86:472–480.

论文清单：

Google Scholar, https://scholar.google.com/citations?user=pRhyH6IAAAAJ&hl=en

Research Gate, https://www.researchgate.net/profile/Fei-He-8?ev=hdr_xprf

ORCID, https://orcid.org/0000-0002-1165-3248