2024年12月28日，第二届基因组育种算法国际竞赛暨前沿论坛在华中农业大学隆重举行。本次竞赛吸引了来自全球的35支优秀团队参赛，经过激烈角逐，共6支队伍脱颖而出，进入决赛。

中国科学院遗传与发育生物学研究所的Goodshooting团队成员黄江伟（降雨强组）、杨智涵（梁承志组）、尹谋（贺飞组）和李超（降雨强组）在比赛中发挥出色，凭借优异表现荣获第二名（第一名空缺）。这是Goodshooting团队连续第二年在该项赛事中名列前茅

该团队设计开发了基于对比学习和染色体感知网络的预测模型（Contrastive Learning and Chromosome-Aware Network, CLCNet）。模型包含两个核心模块：基于表型差异的对比学习模块和染色体感知模块，能够同时捕获样本间的差异特征，并综合考虑连锁效应、局部上位性和全局上位性，从基因组数据中筛选具有代表性的分子标记提升预测性能。CLCNet 展现了泛物种、泛表型的优越性，不仅在竞赛数据集（玉米）上表现优异，还在公开数据集（如水稻、棉花、粟、鹰嘴豆、油菜、大豆等）上取得了卓越成绩。与传统线性方法、经典机器学习和常用深度学习方法相比，CLCNet展现了更高的预测精度和更低的误差。相关工作已经申请发明专利1项（申请号202411943779.0），提交文章1篇（bioRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2024.12.29.630569）。

本次竞赛得到了降雨强、梁承志、贺飞、韩荣成、王瑜、黄璐、和李淼淼等老师的大力支持。在韩荣成、李淼淼和李金敏三位老师的带领下，Goodshooting团队克服了重重困难，最终取得了好成绩。在颁奖典礼现场，与会嘉宾对获奖团队表示热烈祝贺，并高度评价了本次竞赛的成果。随后举行的前沿论坛环节，与会专家围绕基因组育种算法的最新研究进展深入交流，为我国基因组育种领域的发展提供了重要启示。